Otoimmün hastalıkların neden olduğu kronik inflamasyon oksidatif stresi artırabilir.
Bu hastalıklar arasında romatoid artrit, çölyak hastalığı ve lupus bulunur. bir çalışmaya göre glutatyon, vücudun immünolojik tepkisini uyararak veya azaltarak oksidatif stresin azaltılmasına yardımcı olur.
Otoimmün hastalıklar, belirli hücrelerde mitokondriye saldırır. Glutatyon, serbest radikalleri ortadan kaldırarak hücre mitokondrilerini korumaya çalışır.